生物信息与数据处理
2006-7
高等教育出版社
徐程
无
本书包括3方面的内容：(1)以互联网为基础的生物资源检索，主要讲述因特网资源类型、因特网资源的查找方式，并简要介绍因特网中一些重要的生物学站点，此外还重点介绍了与生物相关的网络文献数据库的使用方法，以及通过相关文献管理软件构建自己的数据库的方法；(2)互联网中生物数据库，包括常用的核酸蛋白质数据库、基因组数据库，同时重点介绍了以文本为搜索依据的数据库检索方式和以序列相似性为基础的数据库搜索方法； (3)实验设计的基本原则、统计的基本方法以及生物统计作图软件的使用方法。书中设计了9个上机实验，便于学生通过实际操作掌握生物文献检索、互联网生物资源搜索以及生物统计软件的使用方法。 本书的目的在于通过对计算机和互联网相关知识的介绍，使学生掌握互联网生物资源获取及分析方法，以增强学生自主学习能力，拓宽学生知识领域，为今后科研实践打好基础。本书作为讲义已经过5轮教学实践，具有系统性强、技术方法新、内容丰富、结构紧凑、实用性强等特点，适合于生物科学、生物技术及相关专业的本科生和研究生使用，也可供研究人员参考。
第1章 绪论 1.1 计算机在生命科学领域的应用 1.2 学习本课程的目的与意义 1.3 学习本课程的基本方法第2章 因特网与网上生物学资源 2.1 因特网概述 2.2 因特网的相关概念、提供的服务类型和软件 2.3 网上生物学信息资源分类 2.4 计算机检索原理 2.5 计算机检索基本原理 2.6 生物文献检索途径第3章 搜索引擎与生物学资源导航站点 3.1 Internet上WWW生物资源的查询途径 3.2 搜索引擎的查询方法 3.3 非WWW生物资源检索途径 3.4 因特网涉及生物学习的资源介绍 3.5 引用Internet资源的注意事项 第4章 因特网上的生物学文献数据库 4.1 文献搜索引擎 4.2 生物相关文摘型数据库 4.3 全文数据库介绍 4.4 会议论文数据库 4.5 学位论文数据库 4.6 专利数据库 4.7 标准数据库 4.8 获取原文的方法总结第5章 特定文献数据库的构建 5.1 文献管理软件的共同特点 5.2 Reference Manager软件的使用 5.3 国产文献管理软件——医学文献王简介第6章 文献阅读与综述撰写 6.1 文献阅读的意义和方法 6.2 科技综述的写作第7章 常用核酸蛋白质数据库介绍 7.1 常用核酸和蛋白质数据库及文件格式 7.2 其他注释序列数据库 7.3 基因组和特殊物种数据库 7.4 其他数据库第8章 生物数据库检索 8.1 利用SRS(序列检索系统)搜索数据库 8.2 利用Entrez进行数据库搜索 8.3 DBGET/LinkDB第9章 以序列相似性为准则的数据库搜索 9.1 序列相似性搜索 9.2 氨基酸取代矩阵 9.3 数据库搜索：FASTA和BLAST 9.4 序列过滤 9.5 反复数据库搜索和PSl—BLAST第10章 PRISM统计分析软件的使用 10.1 常用统计软件介绍 10.2 GraptlPad Prism使用介绍上机实验 实验1 常用搜索引擎及专业搜索引擎的使用 实验2 PLlbMed的使用 实验3 常用文献数据库及专业数据库检索 实验4 利用文献管理软件构建文献数据库 实验5 常用分子生物学数据库检索 实验6 利用Erltrez、SRS工具检索相关核酸蛋白数据库 实验7 利用Blast进行数据库相似性搜索 实验8 利用Grapt-iPad Prism 4进行统计分析及作图 实验9 依给定题目进行文献检索并完成文献综述的写作
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