新一代基因组测序
2012-1
科学
M.贾尼特
228
薛庆中
无
与传统测序技术相比，新一代测序(NGS)技术具有超高速、高通量、低成本和高效益的强大优势；这种新兴技术的研发和新一代测序平台的建立对基因组研究、人类健康和社会认知都产生了重大影响，是当今前沿科学发展最为迅猛的领域。全书包括5个部分18章。第一部分和第二部分分别概述了传统的Sanger
DNA测序和新一代测序平台的工作原理、方法和特点；第三部分剖析了困扰测序技术瓶颈及其解决方案；第四部分介绍了测序的商业化应用和新兴的测序平台；第五部分探讨了新一代测序技术在基因组学研究中的广泛应用。
本书由参与NGS技术开发和应用的研究人员和发明家撰写，是全球第一本介绍新一代DNA测序技术的书。．可作为高等院校生物学、医学、农学等领域的师生和研究人员学习参考用书，也对希望了解个人基因组信息、个性化医疗、伦理学等问题的读者有启迪和帮助作用。
译者序
前言
第一部分Sanger DNA测序
1 Sanger DNA测序
1.1 Sanger测序的基础
1.2 人类基因组计划的未来
1.3 局限性以及未来的机会
1.4 生物信息学是关键
1.5 下一步将往哪里走
第二部分 新一代测序：通往个性化医疗
2 lllumina基因组分析仪Ⅱ系统
2.1 文库的制备
2.2 簇的创建
2.3 测序
2.4 配对末端读序列
2.5 数据分析
2.6 应用
2.7 结论
3 应用系统生物公司(ABI)sOLDTM系统：基于连接的测序
3.1 引言
3.2 SOLIDTM系统概述
3.3 SOLIDTu系统应用
……
第三部分 瓶颈：序列数据分析
第四部分 新兴测序技术
第五部分 新一代测序：真实地融合基因组分析
英汉对照词汇
彩图
15.3 染色质免疫沉淀测序（ChIP-seq）方法 染色质免疫沉淀是从活细胞收集与感兴趣蛋白质特异性结合的DNA片段，其过程可分为以下相对简单的3个（译者注：原文写为5个）步骤。第一步，用典型的甲醛交联剂处理目标细胞或组织，使蛋白质或DNA之间互相接触形成短的共价键。化合物在生物体内选择性的连接被及时固定，非常适合捕捉短暂的转录因子结合的相互作用。第二步，用超声或涡旋的方法破碎细胞，把DNA分子剪切到合适的大小。第三步，用抗体结合目标蛋白，将与其相连的分子拉下来。回收抗体，洗去无抗体连接的蛋白质和松散的DNA。通过高浓度盐和热处理可使甲醛产生交联逆转，同时抗体结合被破坏。通过以上三步高度富集到目标蛋白和体内结合的DNA序列。 当染色质免疫沉淀结合大规模平行测序时，可用试剂盒或酚-氯仿提取液从混合物中分离提取DNA片段。短DNA的平均长度取决于破碎细胞所使用的超声波或涡旋的波长和强度。用琼脂糖凝胶电泳分离DNA片段，切取含需要的部分。通常DNA的长度为150～500bp。 交联后的一个有趣结果是检测到第二个蛋白质-蛋白质和蛋白质-DNA之间的相互作用位点。靠近转录因子的蛋白质在用甲醛处理后会交联在一起，随着转录因子一起被拉下来。免疫沉淀的DNA片段分析时交联的DNA均被测序。此方法创建了基因组多侧面的富集比对的读序列，暗示存在第二种蛋白质-DNA相互作用位点。对DNA的位点进一步分析却没有发现目标转录因子结合模体，表明DNA-蛋白质之间的相互作用可能不是直接的。 分离组蛋白及其相连的DNA的过程中可省去染色质免疫沉淀中交联的步骤。脑组织尸检时，用一种微球菌核酸酶代替超声波或涡旋，微球菌核酸酶消化细胞不会破坏组蛋白所在的核酸螺旋结构，使得在整个染色质免疫沉淀过程中DNA都能牢固地继续缠绕在组蛋白上。沉淀后，用蛋白酶K处理可使组蛋白和DNA分离，再用酚-氯仿提取。尽管该方法不会使转录因子沉淀，但却能明显简化组蛋白提取过程，又不改变组蛋白的信号修饰。用此方法研究组蛋白-DNA相互作用，表明组蛋白-DNA相互作用和组蛋白的修饰是相对稳定的，因此可以用在死亡30h捐献者脑组织前处理。 15.4 基于双脱氧标签Sanger测序 基于染色质免疫沉淀（ChIP）分析DNA或RNA的方法目前应用迟缓，其主要原因在于此方法不能分辨大群体核苷酸片段特性。而用基于双脱氧的Sanger毛细管测序法定量分析从单次染色质免疫沉淀实验获得的数百万个DNA片段又显得价格昂贵，群体DNA片段的多样性也让这种方法变得更为复杂。尤其对于大型哺乳动物基因组的研究更是如此。现在已开发出几种高效分析序列和目标片段的方法。虽然不可能对每一个片段进行双脱氧测序，但是抽样检测可以得知整个集合的组成。 ……
无
这本书适合快速了解第二代测序技术，网络和文献资源肯定是最新的，写进书本加上翻译，有些内容跟不上最新进展在所难免。但相对读文献来说，你可以只花很少的时间，获得你从文献中需要较多时间才能得到的信息。
如果你对第二代测序技术，以及所谓的第三代测序技术都很熟悉，就没必要购买这本书了。
精品翻译！想了解二代测序的都来读读最好~
内容很新紧跟前沿值得一读
正在学习。这本书给我扫盲
非常好的一本书，专业性非常强
是正品，同事说不懒，就是买了以后就降价。
书很经典，印刷也好，就是封面不好看。
大约看了下，还没细看，还行，就是比较简单点了
测序发展很快，书的内容感觉有点老了，在书中测序技术和个性化医疗的结合并不多。